רוק לי הוא שינובי צעיר מכפר העלה הנסתר שלא מסוגל להשתמש בנינג’וטסו או בגנג’וטסו, אבל מסרב לוותר על החלום להפוך ללוחם חזק. יחד עם המורה שלו, מאיטו גאי, וההתלהבות הבלתי נגמרת שלו, הוא נכנס לכל קרב כאילו הוא הגיבור הראשי של הסיפור – גם כשברור שכולם סביבו הרבה יותר חזקים. למרות הכל, הוא מוכיח שוב ושוב שעם מספיק אימונים, דרמה וצעקות מוטיבציה, אפילו “הילד בלי כוחות” יכול לגנוב את ההצגה.
שנים לאחר סיום מלחמת השינובים הרביעית, כפר העלה הנסתר נהנה מעידן של שלום ושגשוג בהנהגתו של ההוקאגה השביעי, אוזומאקי נארוטו. בנו, אוזומאקי בורוטו, שואף לסלול את דרכו כשינובי מבלי לחיות בצילו של אביו. בעוד דור חדש של נינג'ות מתחיל את דרכו, איומים חדשים צצים ומעמידים את עתיד עולם השינובים בסכנה.
לאחר שנתיים וחצי של אימונים עם ג'יראיה, נארוטו אוזומאקי חוזר לכפר העלה הנסתר נחוש להתחזק ולהגן על חבריו. אך בעוד אויבים חדשים צצים מכל עבר וארגון האקאטסוקי מתחיל לפעול כדי ללכוד את בעלי חיות הזנב, נארוטו וחבריו ניצבים בפני קרבות קשים, גילויים מטלטלים והחלטות שישנו את גורל עולם השינובים.
לפני 12 שנים תקף את כפר העלה הנסתר שד שועל בעל תשעת זנבות. כדי להציל את הכפר, הקריב ההוקאגה הרביעי את חייו וחתם את השד בתוך תינוק בשם אוזומאקי נארוטו. כעת, כשהוא מנודה על ידי הסובבים אותו, נארוטו נחוש להפוך לשינובי הגדול מכולם ולהגשים את חלומו להיות ההוקאגה.